สำนักบริการวิชาการ มหาวิทยาลัยบูรพา แบ่งการบริหารงานออกเป็น 1 สำนักงาน 3 ฝ่าย 1 ศูนย์ และ 2 โครงการศูนย์ ตามภาระหน้าที่ดังนี้คือ สำนักงานผู้อำนวยการ ฝ่ายฝึกอบรมและที่ปรึกษา ฝ่ายส่งเสริมและเผยแพร่วิชาการ ฝ่ายพัฒนาสังคมและสิ่งแวดล้อม ศูนย์ประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม โครงการศูนย์บริหารโครงการตามนโยบายรัฐ และโครงการศูนย์พัฒนาและส่งเสริมสมรรถนะองค์กร ซึ่งเป็นโครงสร้างองค์กรโดยรวมดังแผนผังโครงสร้าง