สำนักบริการวิชาการ มหาวิทยาลัยบูรพา แบ่งการบริหารงานออกเป็น 1 สำนักงาน 3 ฝ่ายและ 2 ศูนย์ ตามภาระหน้าที่ดังนี้คือ สำนักงานผู้อำนวยการ ฝ่ายส่งเสริมและเผยแพร่วิชาการ ฝ่ายฝึกอบรมและที่ปรึกษา ฝ่ายพัฒนาสังคมและสิ่งแวดล้อม ศูนย์ประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม ศูนย์บริหารโครงการตามนโยบายรัฐ และศูนย์พัฒนาและส่งเสริมสมรรถนะองค์กร ซึ่งเป็นโครงสร้างองค์กรโดยรวมดังแผนผังโครงสร้าง